ชาจีน (ใบเล็ก) ( C. sinensis var. sinensis ) อาจมีต้นกำเนิดในจีนตอนใต้ โดยอาจมีการผสมพันธุ์ของชาป่าที่ไม่รู้จัก อย่างไรก็ตาม เนื่องจากชานี้ไม่มีประชากรในป่าที่รู้จัก ต้นกำเนิดของชานี้จึงเป็นเพียงการเก็งกำไร [17] [18]

 

เนื่องจากความแตกต่างทางพันธุกรรมทำให้เกิด cladesที่แตกต่างกันชาจีนอัสสัม ( C. sinensis var. assamica ) อาจมีบิดามารดาที่แตกต่างกันสองแห่ง – หนึ่งถูกพบในภาคใต้ของยูนนาน ( สิบสองปันนาเมืองผู่เอ๋ อ ) และอีกแห่งในมณฑลยูนนานตะวันตก( Lincang เป่าซาน ). ชาอัสสัมของยูนนานใต้หลายชนิดได้รับการผสมพันธุ์กับชาCamellia taliensis ที่เกี่ยวข้อง อย่าง ใกล้ชิด ไม่เหมือนกับชาอัสสัมของยูนนานใต้ ชาอัสสัมของยูนนานตะวันตกมีความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมหลายอย่างกับชาประเภทอัสสัมของอินเดีย (เช่นC. sinensis var. assamica). ดังนั้น ชาอัสสัมตะวันตกของยูนนานและชาอัสสัมของอินเดียอาจมีต้นกำเนิดมาจากพืชแม่เดียวกันในพื้นที่ที่จีนตะวันตกเฉียงใต้ อินโดพม่า และทิเบตมาบรรจบกัน อย่างไรก็ตาม เนื่องจากชาอัสสัมของอินเดียไม่มีhaplotypesร่วมกับชาอัสสัมของยูนนานตะวันตก ชาอัสสัมของอินเดียจึงมีแนวโน้มว่าจะมีต้นกำเนิดมาจากการเลี้ยงแบบอิสระ ชาอัสสัมของอินเดียบางชนิดดูเหมือนจะผสมพันธุ์กับสายพันธุ์Camellia pubicosta ชา

 

สันนิษฐานว่ามีอายุ 12 ปี ชาใบเล็กของจีนคาดว่าจะแตกต่างจากชาอัสสัมเมื่อประมาณ 22,000 ปีก่อน ในขณะที่ชาอัสสัมจีนและชาอัสสัมของอินเดียแยกจากกันเมื่อ 2,800 ปีก่อน ความแตกต่างของชาใบเล็กของจีนและชาอัสสัมจะสอดคล้องกับ ค่าสูงสุด ของน้ำแข็ง สุดท้าย