ยุคเอโดะภายใต้การปกครองของผู้สำเร็จราชการโทคุงาวะ  ระหว่างปี 1603–1868 นำความมั่นคงและสันติภาพมาสู่ญี่ปุ่น และนำเรื่องราวของนินจามาปิดฉากลง ทักษะและตำนานของนินจายังคงอยู่ และได้รับการตกแต่งเพื่อทำให้ภาพยนตร์ เกม และหนังสือการ์ตูนมีชีวิตชีวาในปัจจุบัน สายลับมืออาชีพในระบบศักดินาญี่ปุ่น ผู้ที่ได้รับการฝึกฝนมาเป็นอย่างดีในเรื่องการซ่อนตัวและความลับ  ความรู้ทั่วไปเรื่องนินจา  นินจาเป็นชื่อของบุคคลหรือกลุ่มที่รับใช้ไดเมียว (เจ้าแห่งดินแดนญี่ปุ่น) หรือเจ้าเมืองศักดินาที่ทำกิจกรรมข่าวกรองและการลอบสังหารตั้งแต่สมัยคามาคุระถึงสมัยเอโดะในญี่ปุ่น นินจาเป็นที่รู้จักกันดีไม่เพียงแต่ในญี่ปุ่นเท่านั้น แต่ยังเป็นที่รู้จักทั่วโลกอีกด้วย นินจาเป็นกลุ่มที่ปฏิบัติการลับเพื่อขุนนางศักดินาเป็นหลัก ตำแหน่งของพวกเขาแตกต่างจากตำแหน่งซามูไรหรืออาชิการุ (ทหารเดินเท้าทั่วไป) ผลการศึกษาล่าสุดแสดงให้เห็นว่านินจาเป็นกลุ่มวิศวกรที่มีความรู้มากมายเกี่ยวกับสัตว์และพืช และเคมี รวมถึงกลุ่มเจ้าหน้าที่ข่าวกรองที่มีความสามารถทางกายภาพที่ยอดเยี่ยมและได้รับการลงโทษทางวินัยอย่างเคร่งครัด