การวินิจฉัยการติดเชื้อของทารกในครรภ์ ในบางครั้ง การเจาะน้ำคร่ำจะใช้เพื่อค้นหาการติดเชื้อหรือการเจ็บป่วยอื่นๆ ในทารก การรักษา. การเจาะน้ำคร่ำอาจทำเพื่อระบายน้ำคร่ำออกจากมดลูกหากมีน้ำคร่ำสะสมมากเกินไป ซึ่งเป็นภาวะที่เรียกว่าโพลีไฮดรามีโอ การทดสอบปอดของทารกในครรภ์ การเจาะน้ำคร่ำ หากมีการวางแผนการคลอดเร็วกว่า 39 สัปดาห์ อาจมีการทดสอบน้ำคร่ำเพื่อช่วยค้นหาว่าปอดของทารกโตพอสำหรับการคลอดหรือไม่ สิ่งนี้ไม่ค่อยทำ